Các tuyến đường thủy nội địa dựa theo các con sông chính như: sông Hồng, sông Đà ở miền Bắc; sông Tiền, sông Hậu ở miền Tây Nam Bộ và sông Đồng Nai, sông Sài Gòn ở miền Đông Nam Bộ. Tổng chiều dài của tất cả các loại sông, kênh, rạch trên lãnh thổ Việt Nam khoảng 42.000 km, dài nhất là hai con sông: sông Hồng với khoảng 541 km và sông Đà khoảng 543 km. Sông Hậu là con sông có khúc rộng nhất ở huyện Long Phú (Sóc Trăng) và Cầu Kè (Trà Vinh) với chiều ngang khoảng gần 4 km.

• Sông Đà chảy qua các tỉnh Lai Châu, Điện Biên, Sơn La, Hòa Bình, Phú Thọ, Hà Tây và giao nhau với sông Hồng tại Việt Trì(Phú Thọ)
• Sông Hồng chảy qua các tỉnh Lào Cai, Yên Bái, Phú Thọ, Vĩnh Phúc, Hà Tây, Hà Nội, Hưng Yên, Hà Nam, Thái Bình, Nam Định
• Sông Tiền chảy qua các tỉnh An Giang, Đồng Tháp, Vĩnh Long, Tiền Giang, Bến Tre
• Sông Hậu chảy qua các tỉnh An Giang, Cần Thơ, Đồng Tháp, Vĩnh Long, Hậu Giang, Trà Vinh, Sóc Trăng
• Sông Sài Gòn và sông Đồng Nai chảy qua các tỉnh Tây Ninh, Bình Dương, Đồng Nai và Thành phố Hồ Chí Minh

Các cảng sông, quy hoạch theo Quyết định số: 1071/QĐ-BGTVT ngày 24 tháng 04 năm 2013:

• Khu vực phía Bắc: Cảng hàng hóa: gồm 66 cảng, công suất quy hoạch đến năm 2020 là 42,01 triệu tấn/năm. Cảng hành khách: gồm 20 cảng, công suất quy hoạch đến năm 2020 là 5,52 triệu lượt khách/năm.
• Khu vực miền Trung: Gồm 7 cảng hàng hóa.
• Khu vực phía Nam: Cảng hàng hóa: gồm 56 cảng, công suất quy hoạch đến năm 2020 là 32,6 triệu tấn/năm (trong đó có 11 cảng chính, công suất quy hoạch đến năm 2020 là 10,9 triệu tấn/năm và 45 cảng khác có công suất quy hoạch đến năm 2020 là 21,7 triệu tấn/năm). Cảng hành khách: gồm 17 cảng, công suất quy hoạch đến năm 2020 là 29 triệu lượt hành khách/năm

Hệ thống đường thủy Việt Nam hiện đang đảm nhiệm 30% tổng lượng hàng hóa lưu chuyển trong nước, riêng khu vực Đồng bằng sông Cửu Long đảm nhiệm tới 70% lưu thông hàng hóa trong vùng. Các cảng biển chính hiện nay gồm: cảng Hải Phòng, cảng Cái Lân ở miền Bắc, cảng Tiên Sa, cảng Quy Nhơn ở miền Trung và cảng Sài Gòn, cảng Cát Lái ở miền Nam. Năm 2007, tổng khối lượng hàng hoá thông qua các cảng tại Việt Nam là 177 triệu tấn, trong đó hệ thống cảng Sài Gòn là 55 triệu tấn. Theo dự báo, dự báo lượng hàng hóa qua hệ thống cảng biển Việt Nam vào năm 2010 sẽ đạt 230-250 triệu tấn/năm và 500-550 triệu tấn/năm vào năm 2020[4].

Theo Quyết định số 2190/QĐ-TTg ngày 24 tháng 12 năm 2009, theo quy hoạch các cảng tổng hợp quốc gia là các cảng chính trong hệ thống cảng biển Việt Nam, bao gồm:

• Cảng trung chuyển quốc tế: Vân Phong – Khánh Hòa;
• Cảng cửa ngõ quốc tế: Hải Phòng, Bà Rịa – Vũng Tàu;
• Cảng đầu mối khu vực: Hòn Gai – Quảng Ninh, Nghi Sơn – Thanh Hóa, Nghệ An, Sơn Dương, Vũng Áng – Hà Tĩnh, Dung Quất – Quảng Ngãi, Quy Nhơn – Bình Định, Nha Trang, Ba Ngòi – Khánh Hòa, thành phố Hồ Chí Minh, Đồng Nai, Cần Thơ.

Ngoài ra có các cảng địa phương và các cảng chuyên dùng. Tại Trà Vinh, đã có dự án cảng trung chuyển. Tại Quảng Trị có dự án cảng nước sâu Mỹ Thủy.